Շահեն Մեղրյանի մարտական ուղին սկսվել է 1988թ.: Այն ժամանակ Շահենը առաջիններից էր, որ զգաց, թե առանց մարտական ջոկատների անհնար է պաշտպանել շրջանը և սկսեց կազմակերպել զինված ջոկատներ: 1990 թ. հունվարի 9-ին Խանլարի ոստիկանությունը տեղի զինվորականների օժանդակությամբ շրջանի ղեկավարությանն ամբողջությամբ գերի է վերցնում Մարտունաշենի ճանապարհին, երբ նրանք շտապում էին մասնակցելու ադրբեջանցիների կողմից սպանված մարտունաշենցի պահակի հուղարկավորությանը։ Բարձրաստիճան ռուս սպաներին թուրքերը կաշառել էին, և հայերի անվտանգության և հուղարկավորմանը մասնակցելուն խոչընդոտներ չստեղծելու ռուսների խոստումը դրժվեց: Հայ պատանդների խուզարկության ժամանակ Շահենը իր մոտ գտնվող ատրճանակը տալիս է ռուս հրամանատարին՝ «էս էլ ինձնից քեզ նվեր» ասելով: Մեկ ամիս պատանդ պահելուց հետո հայ մարտիկների կողմից ձեռնարկված հանդուգն գործողությունների արդյունքում ադրբեջանցիները ստիպված էին համաձայնվել պատանդների փոխանակմանը: Շահենին ձերբակալելուց հետո չէին փոխանակի, եթե ճանաչեին: Իբրև Շահումյանի ղեկավար ադրբեջանցիները ճանաչում էին Աղաջանյան Վոլոդյային, որն այդ ժամանակ իբրև քաղաքական դեմք այլևս որևէ ազդեցություն չուներ:
Շրջանի ինքնապաշտպանության առաջին գործողությունը տեղի ունեցավ Մանաշիդ գյուղում 1990 թ. հունվարի 12-13-ին: Երբ ադրբեջանցիները փորձեցին գյուղը տեղահանել, շրջանի նորաստեղծ խմբերը հետ շպրտեցին նրանց գյուղի սահմաններից: Թշնամին մեծ կորուստներ տվեց այդ մարտում: Շահենը Շահումյանի շրջանի և Գետաշեն-Մարտունաշենի ենթաշրջանի ինքնապաշտպանական ուժերի հրամանատարն էր: 1991 թ., երբ տխրահռչակ «Կոլցո» օպերացիայից հետո ընկավ Գետաշեն-Մարտունաշենը, Շահումյանի դրությունը կտրուկ վատացավ: 1991 թ. հունիսին ադրբեջանցիները ռուսների օգնությամբ գրավեցին շրջանի 3 գյուղերը` Էրքեջ, Բուզլուխ, Մանաշիդ: 1991 թ. Շահենն իր ջոկատների հետ կազմակերպեց օպերացիա, որի արդյունքում սեպտեմբերի 11-13-ին ազատագրվեցին Էրքեջ, Բուզլուխ, Մանաշիդ գյուղերը: Այդ օպերացիան առաջինն էր ԼՂՀ-ում, երբ արցախյան ազատամարտիկները կարողացան գրավված տարածքները ազատագրել:

1991 թ. նոյեմբերի 29-ին Շահենի գլխավորությամբ մաքրվեց Թոդան ադրբեջանական գյուղը: Մինչև շրջանի անկումը, շրջանի ամբողջ ճակատով եղել են ընդհարումներ: 1992 թ. հունիսի 13-ին բռնի տեղահանումից հետո Շահենը կարողացավ Հաթերք գյուղում իր շուրջը հավաքել մի խումբ տղաներ` թվով 25 հոգի, և այդ տղաների հետ մտավ թշնամու թիկունք: Այդպես սկսվեց հայդուկային շարժումը ԼՂՀ հյուսիսային մասում: Հայդուկների անմիջական օգնությամբ ազատագրվեցին Մարտակերտի մի շարք գյուղեր` Հաթերքը, Ակնաբերդը, Մադաղիսը, Տոնաշենը, Դաստագիրը, Սարսանգի ջրամբարը: Օպերատոր Նևզորովը նկարահանել է Գերանբոյի գնդի պարտությունը Սարսանգի ջրամբարի մոտ, ադրբեջանցիների խուճապահար փախուստը և ցուցադրել ՌԴ հեռուստաալիքներով («Геранбойский батальон» ռեպորտաժ): Այդ հաղթանակը Շահենինն էր ու իր հայդուկներինը: 1993 թ. ապրիլին ազատագրվեց Գյուլիստանը, և գրավվեցին դեպի շրջան տանող բոլոր բարձունքները:

Շահեն Մեղրյանն իր պարտիզանական ջոկատով փառավոր ուղի է անցել՝ թշնամուն էական վնաս պատճառելով (1992թ. օգոստոսի 28-ին Վարարակն գետի ակունքներում գտնվող ադրբեջանցի թալանչիների վրանային «քաղաքի» ոչնչացումը. գործողության ընթացքում ոչնչացվել է 40 ադրբեջանցի թալանչի: 1992թ. սեպտեմբերի 20-ին Գյուլիստանի գործողությունը. ոչնչացվել է 11 ավտոմեքենա և 54 ադրբեջանցի զինյալ; 1992թ. հոկտեմբերի 21-ին Սարսանգ-Հաթերք ճանապարհի վրա ոչնչացվել է վառելիք փոխադրող չորս բեռնատար, սպանվել է հակառակորդի 9 զինվոր; 1992թ. սեպտեմբեր-նոյեմբեր ամիսներին ոչնչացվել են ադրբեջանական 4 ուղեկալ, 8 ռազմական մեքենա և մի քանի տասնյակ զինծառայողներ):

Շահենը պատրաստվում էր ՀՀ գալուց հետո ազատագրել հարազատ շրջանը: Բայց ավա՜ղ, 1993թ. ապրիլի 17-ին՝ հերթական մարտական առաջադրանքը կատարելիս, Շահումյանից Երևան վերադառնալու ճանապարհին Արցախի երկնքում խփվեց «Շահումյանի արծիվ» Շահեն Մեղրյանին ու նրա 7 մարտական ընկերներին փոխադրող ուղղաթիռը։ Բոլորը զոհվեցին՝ Շահեն Մեղրյանը, 17-ամյա Հայկ Մեղրյանը, Արտակ Խաչատրյանը, Գրիգոր Գրիգորյանը, Պողոս Սիմոնյանը, Ռաֆիկ Բադալյանը, Արմեն Բազյանը և Ալեքսանդր Մեժունցը, ուղղաթիռի անձնակազմի հրամանատար Ջանբուլադ Մուրադյանը, 2-րդ օդաչու Արամ Գրիգորյանը և բորտմեխանիկ Իոսիֆ Միքայելյանը: Նրանք հանգչում են կողք կողքի անմահների զորագնդում՝ Եռաբլուրում:

Պարտիզանական պայքարը սկսել են 25 հոգով, հետո նրանց միանում են Շահումյանում գտնվող տարբեր ջոկատների («Արաբո», «Տիգրան Մեծ», Պռոշյանի ջոկատ, Հոկտեմբերյանի տղաներ) մարտիկներ, որոնցից 1993թ. ստեղծվեց զորամաս, որի հրամանատար նշանակվեց Շահեն Մեղրյանը: 1993թ. հունիսի 15-ին ՀՀ ՊՆ թիվ 314 հրամանով զորամասն անվանակոչվեց «Շահեն Մեղրյան» հատուկ նշանակության ջոկատ:

Հարազատ հողի ազատագրման պայքարը, Շահեն Մեղրյանը մղել է, հանդիսանալով Հայ Յեղափոխական Դաշնակցության անդամ եւ Շահումյանի ՀՅԴ կազմակերպության ղեկավար գործիչ: