Զորացրվելուց հետո ուսումը շարունակել է համալսարանում: 1988 թ. ընդունվել է ԵՊՀ ասպիրանտուրա` միաժամանակ աշխատելով Հայաստանի պատմական աշխարհագրության եւ քարտեզագրության լաբորատորիայում: Մինչև Արցախի ազատամարտին մասնակցելը Վ. Բախշյանը պատրաստվում էր պաշտպանել թեկնածուական ատենախոսություն` «Արեւմտյան Հայաստանի վարչական բաժանումները» թեմայով:

Բայց այդ ժամանակ սկսվում են Արցախի ազատագրական մարտերը. 1988 թ. սկսված Արցախյան շարժման ակտիվ մասնակիցներից մեկն էր Վարդան Բախշյանը: Հենց այդ տարիներին նա մի խումբ ընկերների հետ հիմնադրում է ՀՈՒԴ-ը ` Հայ ուսանողական դաշինքը, և հրատարակում «Դաշինք» ուսանողական թերթը: 1989 թ. Վ. Բախշյանը դառնում է Հայաստանում կրկին վերահաստատված Հայ մարմնակրթական ընդհանուր միության (ՀՄԸՄ) հիմնադիրներից մեկը: 1991թ. Աթենքում ընտրվում է ՀՄԸՄ-ի կենտրոնական վարչության անդամ:

1990 թ., ՀՅԴ ինքնապաշտպանական ջոկատների կազմում մեկնում է Արցախ: Մասնակցում է Բերդաձորի ինքնապաշտպանությանը:

Վարդան Բախշյանի աճյունն ամփոփված է Եռաբլուր հուշահամալիր-պանթեոնում, եւ սրբատեղի է դարձել մատաղ սերնդի, հատկապես` ՀՄԸՄ-ականների համար: ԼՂՀ նախագահի 1995 թ. թիվ 42 հրամանագրով Վ. Բախշյանը հետմահու պարգևատրվել է ԼՂՀ «Մարտական խաչ» 2-րդ աստիճանի շքանշանով, 1998թ. փետրվարին հետմահու պարգևատրվել է ԵՊՀ արծաթե հուշամեդալով: Նրա անվամբ, բացի հարազատ դպրոցից, 2008 թվականին անվանակոչվել է նաեւ ԵՊՀ լսարաններից մեկը: