1980 թվականից Վահան Հովհաննիսյանը «Էրեբունի» թանգարանում աշխատանքի է անցել, որպես գիտաշխատող, այնուհետեւ` դարձել է գիտահետազոտական բաժնի վարիչ, իսկ 1989 թվականից տեղափոխվել է Գիտությունների ակադեմիայի հնագիտության եւ ազգագրության ինստիտուտ:

Տարբեր հնագիտական արշավախմբերի կազմում Վահան Հովհաննիսյանը պեղումների է մասնակցել Հայաստանի տարածքով մեկ. այդ պեղումների ընթացքում հայտնաբերվել են բրոնզի եւ վաղ երկաթի դարի շատ արժեքավոր նյութեր:Դրանց հիման վրա Վահան Հովհաննիսյանը կատարել է հնագիտական լուրջ ուսումնասիրություններ: 1989 թվականի Վահան Հովհաննիսյանը անդամագրվել է Հայ Յեղափոխական Դաշնակցությանը:

Հայրենիքում կուսակցության պաշտոնական վերահաստատումից հետո, 1990 թվականին, ընտրվել է Դաշնակցության առաջին Կենտրոնական Կոմիտեի անդամ եւ գործուղվել է Արցախ, ուր մասնակցել է ինքնապաշտպանության կազմակերպմանն ու իրականացմանը: 1992 թվականին Վահան Հովհաննիսյանն ընտրվել է ՀՅԴ Բյուրոյի անդամ:

Այդ տարիներին Հայաստանում շիկանում էր ներքաքաղաքական մթնոլորտը, աճում էր համաժողովրդական դժգոհությունը ՀՀՇական իշխանությունների ապաշնորհ գործունեության հանդեպ: Դաշնակցության համար առանձնապես անհանդուրժելի էին ղարաբաղյան հարցում թույլ տրվող սխալները: Կուսակցության դեմ ծավալվեցին հալածանքներ, կասեցվեց ՀՅԴ գործունեությունը, մի շարք ղեկավար գործիչներ որոնց թվում եւ Վահան Հովհաննիսյանը հայտնվեցին բանտում: Գտնվելով կալանքի տակ` Վահան Հովհաննիսյանը 1997 թվականին հեռակա կերպով ընտրվեց ՀՅԴ Հայաստանի Գերագույն մարմնի անդամ:

Դատաքննության ընթացքում դատարանի դահլիճում հնչեցրած նրա ելույթները շարունակությունն էին ազդեցիկ քաղաքական գործունեության:

1999 թվականից մինչ երկրային կյանքի ավարտը նա եղավ ՀՅԴ Բյուրոյի անդամ:

1999 թվականին Վահան Հովհաննիսյանը ընտրվեց ՀՀ Ազգային Ժողովի պատգամավոր, դարձավ Աժ Պաշտպանության, ազգային անվտանգության եւ ներքին գործերի մշտական հանձնաժողովի նախագահը: 2003-ին եւ 2007-ին դարձյալ ընտրվել է խորհրդարանի պատգամավոր եւ երկու անգամ էլ դարձել է Ազգային Ժողովի փոխնախագահը: Այդ պաշտոնը զբաղեցրել է մինչեւ 2008 թվականը:

Գլխավորել է Հայաստանի ԱԺ առաջին պատվիրակությունը ՆԱՏՕ-ի խորհրդարանական վեհաժողովում: Նույն տարիներին ղեկավարել է Հայաստանի Աժ պատվիրակությունը ԵԱՀԿ խորհրդարանական վեհաժողովում, հանդիսացել է Հայաստան-Ռուսաստան և Հայաստան-Բելառուս միջխորհրդարանական հանձնաժողովների համանախագահ:

Իրականացրել է ակտիվ քաղաքական աշխատանք, թե որպես պատգամավոր եւ թե որպես ՀՅԴ ղեկավար մարմնի անդամ:

2008 թվականին մասնակցել է նախագահական ընտրություններին` որպես ՀՅԴ թեկնածու:

2012թ.մայիսի 6-ին կրկին ընտրվել է Ազգային ժողովի պատգամավոր, Ղեկավարել է Հայաստանի առաջին պատվիրակությունը Եվրանեսթ խորհրդարանական վեհաժողովում` հանդիսանալով Եվրանեսթի Բյուրոյի անդամ:

2013թ. դեկտեմբերի 28-ին ՀՀ Նախագահի հրամանագրով նշանակվել է Գերմանիայի Դաշնային հանրապետությունում ՀՀ արտակարգ եւ լիազոր դեսպան:

Վահան Հովհաննիսյանը կյանքից հեռացավ 2014 թվականի դեկտեմբերի 28-ին: